当院は、昭和46年11月に国立療養所松江病院として発足いたしましたが、平成16年4月に独立行政法人化、また平成２１年４月１日には名称を国立病院機構松江医療センターと改め新たにスタートいたしました。

診療内容は、一般診療のほか、特に肺癌、肺気腫、呼吸不全、肺感染症、結核などの呼吸器疾患、神経難病・筋ジストロフィーなどの医療とリハビリテーション、重症心身障害医療、そして発達障害などの小児神経疾患です。

中でも呼吸器疾患については、地域における「呼吸器病センター」としての自負を持ち、診療に当たっています。

当院は平成11年3月厚生省より、国が担うべき政策医療のうち下記の3つの部門の専門医療施設として認められました。

呼吸器疾患

呼吸器の専門病院として肺癌、気胸、呼吸不全、肺感染症、喘息、肺気腫、結核、膿胸等のすべての呼吸疾患の診断・治療に取り組んでいます。

肺癌、肺気腫、肺炎などの呼吸器疾患による死亡は年々増える傾向にありますが、特に肺癌死亡は増加しています。当院では肺癌の診断から治療（手術、放射線治療、レーザー治療など）まで総合的な医療に取り組んでいます。また肺気腫などによる呼吸不全患者の在宅酸素療法、胸腔鏡を用いた肺癌、気胸、肺気腫などの手術を数多く行っています。

神経・筋疾患

神経難病（パーキンソン病、筋萎縮性側索硬化症（ALS）、脊髄小脳変性症、重症筋無力症、多発性硬化症、スモンなど）の医療を行っています。平成10年4月に結核患者の入院減少に伴う病棟機能転換として、神経難病病棟の運営が開始されました。

神経難病患者さんの受け入れには以前より取り組んでいましたが　同年6月島根県難病医療ネットワーク事業の拠点病院（神経難病）に指定されたことが契機となり　多数のパーキンソン病、脊髄小脳変性症、筋萎縮性側索硬化症などの患者さんをお引き受けしています。

治療が困難で慢性進行性の経過を辿る患者さんの意志にできるだけ沿うように、また患者さんのその時点での機能に合わせた対応を心がけています。そして重症の神経難病患者さんが長期に亘って快適に過ごせる療養環境を提供できるように努力しています。医療従事者向け難病研修会など難病医療確保のための各種事業への協力、協力医療機関・福祉施設への指導・助言などの役割も担っています。在宅療養を希望される患者さんに対し当院としての支援体制の整備が急務と考えています。

筋ジストロフィーに対しては専門的医療、療育を実施すると共に、長期療養の場を提供したり在宅支援を実施するほか、特に学齢児には隣接の養護学校と密接に連携を取るなど保健、医療、福祉、教育の一体化にも大きくかかわっています。更に進行性筋萎縮症等の入院ケアー（筋ジスドック）や外来を通しての諸在宅支援も可能な限り実施していきます。

重症心身障害児（者）の医療

2階、3階病棟（82床）及びデイケアで医療、療育を行っています。身体的、知的障害が重複し、且つそれぞれの障害が重度である児（者）に対する療育（医療、保育、養育、教育）を担当し、また、短期入院の便宜も図っています。

気管支喘息、各種アレルギー疾患、小児神経疾患、心身症、あるいは小児肥満症等長期的に医療的対応が必要な疾患群の診断、治療を行っています。また、隣接地には島根県立緑が丘養護学校が廊下続きにあり、患児は治療と教育を併せての入院生活が送れる仕組みになっています。

気管支喘息等

屋内温水プールでは、入院外来を問わず、障害児（者）の運動療法を行っています。

発達外来

小児専門外来の一つで、小児のさまざまな発育、発達の相談、療育指導を行い、脳性麻痺・てんかん・精神遅滞・自閉症或いは小児神経難病等を対象に診療を行っています。また、小児デイケア、集団保育等定期的な外来訓練も実施しています。